Tendo em conta o tamanho dos átomos, coloca-se-nos um problema adicional: quando fazemos construções com Lego podemos usar os nossos dedos e a nossa força para juntar e separar as diferentes peças, mas tal não é possível com os átomos e as moléculas. Vamos então ver como é que os químicos procedem para os juntar e separar.
Ao longo dos anos, os químicos foram investigando e compreendendo as diferentes afinidades que os átomos têm uns com os outros e, portanto, quais se podem ligar entre si. Perceberam também que o calor, a luz, a pressão, por exemplo, podem ser usados para separar ou juntar os átomos e aprenderam mesmo como fazê-lo. Assim, conhecendo as características das moléculas de diferentes substâncias, sabem como juntá-las e que condições criar para que os átomos que as constituem se agrupem de acordo com o que pretendem. São estas condições que se criam nos laboratórios e fábricas quando se misturam determinadas substâncias com o objectivo de preparar outras. E se pensarmos bem, é o mesmo que fazemos quando cozinhamos. Neste caso, um dado conjunto de ingredientes permite obter um prato com características completamente diferentes dos ingredientes. Também sabemos que condições devemos criar (aquecer mais ou menos, mais tempo ou menos tempo, no forno ou na grelha…), consoante o que queremos obter. Um mesmo conjunto de ingredientes permite inclusivamente obter pratos muito diferentes consoante as proporções e o método que usamos para os cozinhar. Esses ingredientes são formados por moléculas que, com o calor, se vão transformando noutras e são essas transformações que são responsáveis pelo resultado final.
Às transformações de umas substâncias noutras os químicos chamam reacções químicas. Para levar a cabo uma reacção química mistura-se um conjunto de substâncias (os reagentes), criam-se condições adequadas (as condições reaccionais) e obtêm-se substâncias diferentes (os produtos).
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